海の生き物ならば誰もが知っている島のように大きなくじらの「ジマ」は、嵐の海で出会った人間の赤ちゃん「ナミ」を自分の背中の上で育てることになってしまう。人間の子育てに悪戦苦闘するジマだが、海の仲間たちの協力もありナミはすくすくと成長していく。そしてナミが5歳になったとき、ジマはくじらの群れを率いて「マジックオーシャン」を目指すことを決意する。だがそれは、生きるか死ぬかの運命を賭けた過酷な旅の始まりだった。